Analog zur früheren Lizenzpolitik der Firma Red Hat gilt auch im Fedora-Projekt der Grundsatz, dass nur Programme mit vollständig freien Lizenzen verwendet werden dürfen. Dadurch soll vermieden werden, dass das Projekt später aufgrund von Lizenzstreitigkeiten verklagt werden könnte. Prominenteste Folge dieser Politik ist, dass die Distribution von den originalen Installations-Medien keine Programme mit MP3-Unterstützung mit sich bringt, sondern diese erst nachträglich installiert werden müssen. Zu diesem Zweck gibt es inoffizielle Repositories. Auch wird von Java statt den Paketen von Sun Microsystems eine freie Implementierung von Java mitgeliefert.

Des weiteren ist seit dem Erscheinen der Version Fedora Core 2 der X.Org-Server als X-Server fest in die Distribution integriert. Damit zieht das Projekt die Konsequenz aus den Lizenzstreitigkeiten um die Lizenzänderung für den früher benutzten XFree86-Server. Ebenso ist der SELinux Code der NSA fester Bestandteil der Distribution.

Mit der Veröffentlichung der Version Fedora Core 5 hat das Fedora Projekt auch die Software des Mono-Projekts aufgenommen. Diese war früher nicht aufgenommen worden, da man patentrechtliche Probleme mit einigen von Microsoft gehaltenen Patenten auf die dahinterliegende Technik fürchtete. Nachdem das Open Invention Network Mono aber unter seinen Schutz gestellt hat, gelten die Bedenken als ausgeräumt.